La película empieza con el mundo humano ya casi destruido e invadido por una especie de enredaderas, todos los humanos han sido puestos en un sueño eterno. Una niña llamada Rizumu, es perseguida por un gran grupo de Goblimon y un Ogremon, es rescatada de ellos por Agumon, Lalamon y Gaomon.

Rizumu cuenta que los Goblimon y el Ogremon son suboridinados de Argomon, un Digimon en Nivel Final quien fue el culpable de haber destruido la ciudad y puesto a dormir a los humanos, por lo tanto, en un pequeño bote, los Digimon y Rizumu (quien también es un Digimon) van directo hacia la fortaleza de Argomon.

Mientras Gaomon y Lalamon se encargan de los Digimon que les intentan atacar, Agumon y Rizumu llegan hacia Argomon, quien les cuenta que su decisión ha sido eliminar a los humanos debido a que ellos mismos están destruyendo su mundo, y que las acciones de los humanos están teniendo repercusiones en el Digital World. Agumon y Rizumu intentarán derrotar a Argomon, pero este es demasiado fuerte que dejará casi inconsciente a Agumon, el único capaz de derrotarlo. Pero la voz de Masaru lo despertará y su Digisoul le deará fuerzas para seguir adelante y no rendirse.