Al principio del anime, vemos una reunión de gente de poder de una "Organización" (entiéndase mafia) que están cerrando un pequeño negocio al parecer sin conocimiento de todos.
Lo siguiente que se escucha son una serie de disparos, al parecer los han descubierto, todos intentan dispararle a la figura que emerge entre el humo provocado por los primeros disparos, pero sin atinarle, de pronto la silueta de una chica aparece, y sin mas acaba con todos con una precisión exacta, al final se dirige a los dos, negociantes, acabando con el primero, y el segundo solo alcanza a decir: "Tu eres....Phantom", antes de que la chica lo asesine.

Reiji, un joven estudiante esta volando hacia los Estados Unidos, pues ha logrado aprobar el examen de Admisión a una prestigiosa Universidad y con un flash back nos enteramos de como va su vida en esos momentos.
Sin embargo apenas al salir del aeropuerto, empiezan sus pequeños problemas, pues toma un taxi para llegar a su hotel, pero como no domina el idioma completamente, el taxista se aprovecha y después de darle vueltas por la ciudad lo deja en cualquier callejón.

Entonces al andar vagando tratando de encontrar alguna manera de orientarse, sin querer termina siendo testigo del asesinato de un hombre, entonces voltea al lugar donde vio salir el disparo, y alcanza a ver a la misma chica del principio, entonces por instinto, escapa para salvar su vida, sin embargo la chica lo persigue hasta otro callejón, ahí intenta silenciarlo con un cuchillo, y cuando esta a punto de asesinarlo, aparece un hombre extraño que detiene a la chica, entonces el chico se desmaya.


Cuando "despierta" entra a una habitación donde ve como todas las personas que conoce son asesinadas a sangre fría.
Entonces el chico despierta en realidad, y se encuentra encerrado en una extraña habitación, en la que también están la chica y el hombre que vio anteriormente.
Ahí el hombre le explica la situación, algo "simple": El tiene talento, y le ofrecen la oportunidad de seguir con vida a cambio de trabajar para el hombre.
El chico pregunta que talento: "Talento para asesinar". Reiji entonces intenta recordar su nombre o algo sobre el, cosa que le es imposible, el hombre le explica que solo tiene dos opciones: aceptar convertirse en asesino, o morir a manos de la chica, quien es presentada como Ein, su entrenadora, y la poseedora del titulo de "phantom", la mejor asesina que existe en el mundo de la mafia.

El entrenamiento para Zwei (en japonés lo pronuncian "Tsubai" aproximadamente) comienza.