Gerald Robotnick, para crear a Shadow, se basó en un robot llamado Gizoid (más tarde lo llamarían Emerl) qué encontró en una tienda. Examinándolo descubrió que era muy antiguo y que tenía grandes poderes, Gerald, además, tenía a su nieta María (prima de Eggman) que era muy enfermiza, por lo que la llevó a la colonia espacial donde realizaba sus experimentos para que no se enfermara mortalmente. Su propósito era crear un ser perfecto que diera esperanza a la humanidad, tras años de estudio creó a Shadow.

Pero pasó algo inesperado: Varios soldados entraron en la colonia y empezaron a destruir todo (debido a órdenes de sus superiores), María huyó hasta la base donde se encontraban las cápsulas de Shadow y Gizoid, ella tiró de la palanca y las cápsulas salieron justo a tiempo, pero en el preciso momento en que un soldado le disparaba tratando de evitar la fuga.

Se sabe que a la cápsula de Shadow la encontraron y la llevaron a Isla Prisión, pero a la de Gizoid tardaría mas en ser encontrada, y no por cualquier persona. Gerald terminó en la cárcel, un año después se enteró de la muerte de su nieta y desde la prisión en que se encontraba (casualmente la que estaba Shadow), de alguna forma llenó la cabeza de Shadow con supuestos verdaderos recuerdos de haber vivido toda su vida con María en la colonia.

Más tarde, una vez liberado, Shadow trabajaría para Eggman con el secreto propósito de vengar a María (a quien creía haber visto morir), pero al final decide proteger la tierra pensando en que eso es lo que le pediría María. Shadow descubre y se enfrenta al prototipo de la forma de vida perfecta, llamado Bio-Lizard, un enorme lagarto biónico creado por el Prof. Robotnik, capaz de usar las Esmeraldas Chaos.

Cuando parecía que éste había sido vencido por Shadow, el lagarto utiliza Chaos Control para fusionarse con ARK, adiriéndose al cañón de la colonia espacial y dirigiéndose a la Tierra, cuyo impacto daría una gigantesca explosión.

Debido a esto, Sonic y Shadow se transforman en Super Sonic y Hiper Shadow y se enfrentan al nuevo Bio-Lizard, quien ahora se llama FinalHazard.Shadow; al estar debil cae a la atmosfera del planeta y se da a entender que muere.

Más tarde, en la historia de Sonic Heroes, Rouge encuentra una cápsula de la antigua base del Doctor Eggman.

En dicha cápsula está Shadow, que gracias a la gravedad espacial y a su enorme poder sobrevivió al impacto y el Dr. Eggman lo puso en estado latente y lo regeneró con el fin de crear muchos más como el.

Sorprendida, la murciélago decide abrir la cápsula, pero también activa a un robot llamado E-123 Omega que empieza a dispararle a Shadow. Rouge detiene la pelea entre ambos y propone a los tres que vayan en busca de Eggman (Rouge para buscar su tesoro, Shadow para resolver sus dudas y Omega para vengarse de Eggman por haberlo desactivado), luego descubren que Eggman había hecho copias robóticas de Shadow, además de una nueva versión de Metal Sonic.

La historia continuaría en el juego Sonic Battle, cuando descubre que Emerl (Gizoid) es una máquina bélica que fue la que originó la creación del original, trata de destruirla. Durante ése tiempo vive con Rouge en el Club de lucha de ésta (debido a que el erizo todavía no estaba del todo recuperado).

Su intentos de terminar con Emerl son malinterpretados por Sonic y compañia que creen que esta trabajando para Eggman. Mas tarde, al descubrir que Emerl podía dejar de lado sus poderes destructivos, le da la última Esmeralda Caos y activa el código "Devolver la ezperanza a la humanidad", código que había instalado Gerald. Después de eso, al igual que los demás, ayudaría a Emerl para que se volviera mas fuerte.

Posteriormente, en el juego Shadow The Hedgehog, Shadow no recuerda quien es, cual es su pasado, etc. Solo recuerda su nombre y unas imágenes de su supuesto pasado que le fueron colocados a partir de los recuerdos del original en la que está corriendo con María en la estación espacial ARK (mencionado en el juego Sonic Adventure 2).

Mientras, un general malévolo del espacio de nombre Black Doom llega a la Tierra con su ejército de alienígenas llamados Black Arms. Doom se acerca a Shadow diciéndole que tiene que cumplir una promesa: llevarle las misteriosas Esmeraldas del Caos para poder conquistar el mundo.

El jugador decide a qué bando irse, si hacer buenas acciones, ser un rebelde, o destruir la tierra para ayudar a Black Doom y a su ejército. En el final real Shadow decide olvidar todos sus falsos recuerdos de María y la colonia y mirar hacia el futuro.

En el juego Sonic Next Gen; Shadow trabaja para el estado (Por lo que cuenta con un camión blindado ; varias otos y varios tipos de armas).

Shadow también aparece en el juego Sonic Rivals; junto a Sonic, Silver, y Knuckles.

También es un personaje desbloqueable en el Sonic Riders para el Modo Competencia, aunque no aparece en la Historia.

También, en el Sonic and the Secret Rings, aparece en el Party Mode (Los Minijuegos) como personaje secreto (Junto a Cream, Silver y Blaze).

La versión de la serie animada Sonic X narra la historia del Sonic Adventure 2: Battle, aunque con algunas diferencias, como que envés de ser Amy la que lo convence aquí lo hace Chriss (Amigo humano de Sonic y companía).

Shadow también aparece en la segunda temporada de Sonic X (algunos la denominan como tercera) en la que Rouge descubre al erizo en una cápsula de Eggman, pero esta vez es en la nave espacial de Eggman y no aparece Omega ni la historia de Sonic Heroes. Tampoco explica Eggman donde y como lo encuentra, se ignora si es un clón o una copia, aunque no es muy probable. Aquí Shadow trabaja para Eggman buscando las esmeraldas y luchando contra los metarex, en algunas ocaciones se une al equipo de Sonic si los motivos de éste y el doctor concuerdan. Aquí Shadow no recuerda nada de lo que sucedió, aunque cuando Rouge menciona a María Shadow empieza a convulsionarse, tratando de recordar.

También, cabe mencionar que Shadow no poseía sus anillos, los había perdido en el combate contra Final Hazard, aunque uno se lo había guardado Chriss. En ésta temorada, Chriss se lo devuelve y le hace otro igual, revelando su uso: Hacen que Shadow no pierda energía al pelear, aunque no puede usar su poder al máximo. Mas tarde él y Sonic tendrían un combate en sus respectivas Super Formas, terminando en un empate; aunque de no ser por los anillos que le hizo Chriss él no hubiera sobrevivido.

En una ocación, cuando Eggman hubo descubierto la identidad oculta de Cosmo, los mandó a Shadow y a Rouge a que la asesinaran. Él recorrió toda la nave buscando a Cosmo, deteniendo a los mismos Sonic y Knuckles en el camino. Tails, queriendo protegerla usó el cañón para mandar a Shadow a travez del espacio, pero éste se teletransportó usando Control Caos, Tails casi muere tratando de protegerla al enfrentar cuerpo a cuerpo a Shadow, aunque la repentina aparición de lo Metarex interrumpió el posible y fatal desenlace.

En los últimos episodios, ultra Shadow utiliza todo su poder para detener el tiempo y evitar que la materia formada por Dark Oark explote. Mas tarde en el planeta de Sonic, Rouge le pregunta a Eggman si el erizo habrá sobrevivido, él le responde que Shadow es un erizo increíble y que se puede esperar todo de él. En el las ecenas finales originales de la serie había una que mostraba la sombra de Shadow, denotando que sobrevivió. Pero en la versión de habla hispana y española el final se modificó: Mostraban ecenas ya dadas de los personajes hablando (Escepto de Shadow), en las que le agregaban comentarios para darle un toque final a la serie... y dejando como incógnita si el erizo negro y rojo seguía vivo.

Shadow apareció en varios comics estadounidenses (Sin contar los de Sonic X), en las que tenía aventuras alternativas que no modificaban la historia (Como un combate contra Metal Sonic).

También hay otros que muestran como fue la vida "real" de María desde su llegada a la estación hasta su intento de huida.

También hay uno que establece un Futuro alterno en el que Shadow se vuelve rey de Mobius; a diferencia de otra línea temporal en la que lo son Sonic y Sally (Aquí ambos tienen dos hijos, que reciven los nombres en honor a los hermanos del erizo azul de Sonic Undergroun: Sonia y Manic). En ésta línea temporal, Knuckles se vuelve uno de sus hombres más leales.

Shadow the Hedgehog es un videojuego basado en el personaje Shadow the Hedgehog, este juego fue creado por Sega para las consolas de 128 bits, en las que se incluyen la Nintendo GameCube, Microsoft Xbox y PlayStation 2 de Sony. El juego fue lanzado a finales del año 2005.

Shadow the Hedgehog hizo su primera aparición en Sonic Adventure 2 para la Dreamcast donde con sus poderes de poder generar el control caos y junto a su enemigo Sonic detienen la destrucción de la tierra que iba a ser causada por el impacto de la estación espacial Ark.

Tras su caída a la tierra después de salvarla del impacto de la colonia espacial Ark, sufre amnesia. Un día, a las afueras de la ciudad, se encuentra Shadow pensando en quién es él, cuando de repente el cielo se oscurece, y unas criaturas caen sobre la ciudad. Shadow, malhumorado, dice: -"Paso de perder el tiempo con esos estúpidos humanos", pero un alienígena se le aparece, y le dice que recupere las esmeraldas del caos, y que se las lleve.

Shadow consigue las esmeraldas del caos para descubrir su pasado, y al final él es.... ¿el guardián del Ark? ¿el asesino de la humanidad? ¿un proyecto que nunca debió de existir?...

Shadow vuelve para protagonizar su propio juego en el que el usuario tendrá la decisión sobre su destino, orientándolo hacía el camino del bien o del mal. Cada elección del jugador repercutirá en el final del juego.